L’histoire nous montre un garçon dans la ville de Sorami au Japon appelé Tomoki Sakurai qui est un jour invité par son amie d’enfance Sohara Mitsuki ainsi qu’Eishirō Sugata (le leader du club « Le Nouveau Monde ») à se retrouver à minuit pour observer un étrange objet aperçu dans le ciel de la ville. Finalement, Tomoki y va seul lorsqu’il reçoit un appel alarmant de Sugata lui disant de fuir tout de suite car l’objet est très près de lui. C’est alors que quelque chose tombe droit sur Tomoki, l’objet étrange se trouve être en réalité une créature appelée Angeloïde qui se nomme Ikaros. Tomoki décide alors de sauver Ikaros menacée par des débris tombant du ciel. Cette dernière se présentera à lui comme étant une « Angeloïde de compagnie » pouvant réaliser tous les souhaits qu’il désire. Par la suite, elle va apprendre à vivre dans le monde des humains avec l’aide de Tomoki et son passé va être révélé. On découvrira bientôt qu’Ikaros avait en réalité subitement quitté la « Synapse » et que d’autres Angeloïdes sont envoyées pour la retrouver.