L’année est U.C. 0105. Douze ans se sont écoulés depuis la fin de la deuxième guerre de Neo Zeon (Char’s Rebellion). Même après le « choc de l’Axe », qui semblait indiquer l’avenir de l’humanité et du siècle universel, le monde reste dans une situation chaotique où des conflits militaires intermittents continuent d’éclater. Le gouvernement de la Fédération de la Terre est plus corrompu que jamais, et ses dirigeants ont non seulement accéléré la pollution de la Terre, mais ont également mis en œuvre une politique inhumaine de « chasse à l’homme » dans laquelle les civils sont exilés de force dans l’espace.
L’organisation gouvernementale anti-Fédération « Mafty », dirigée par quelqu’un appelé « Mafty Navue Erin », a pris position contre la corruption de la sphère terrestre. Mafty mène des actes de terrorisme féroces, assassinant les uns après les autres de hauts fonctionnaires du gouvernement de la Fédération. , mais il bénéficie d’un certain niveau de soutien de la part de la population, de plus en plus opposée au gouvernement de la Fédération.
La personne qui se fait appeler « Mafty » et dirige cette organisation est Hathaway Noa, le fils de Bright Noa, un officier des forces de la Fédération terrestre qui a autrefois participé à la guerre d’un an. Hathaway lui-même a rejoint les forces qui tentaient d’arrêter la rébellion de Char. Fort d’une connaissance directe des idéaux et des idéologies d’Amuro Ray et de Char Aznable, il est devenu un guerrier suivant leurs traces et envisage de se frayer un chemin à travers la résistance armée. Son destin, cependant, est radicalement modifié lorsqu’il rencontre l’officier des Forces de la Fédération Kenneth Sleg et une mystérieuse jeune beauté nommée Gigi Andalucia.