L’histoire de Giovanni no Shima se déroule pendant la Seconde Guerre mondiale et s’inspire de faits réels.
Dans la foulée de la Seconde Guerre mondiale, le conflit le plus dévastateur que l’humanité ait jamais connue, la petite île japonaise de Shikotan (au nord est de Hokkaido) est devenue une partie de l’Oblast de Sakhaline (île Russe au nord de Hokkaido).
L’histoire se déroule sur Shikotan et se centre sur deux enfants de nationalités différentes (Tanya l’enfant Russe, et un enfant japonais) qui vont se rencontrer au moment où l’île voit débarquer des soldats Russes. Ces deux enfants issus de pays différents, vont s’efforcer de surmonter les barrières linguistiques ainsi que le passé de leurs histoires pour s’entraider.