Plus rien n’intéresse Okazaki Tomoya, jeune lycéen partagé entre une vie scolaire monotone et un foyer inhospitalier, jusqu’au jour où il fait la connaissance de Nagisa Furukawa. Touché par sa naïveté et son côté imprévisible, il décide de l’aider à concrétiser son projet. Ils rencontreront alors des filles toutes plus étranges les unes que les autres avec lesquelles ils se lieront d’amitié. Mais quel lien existe t-il entre leurs histoires et celle de la jeune fille prisonnière d’un monde inhabité dont personne ne parle mais que tous semblent connaître ?
