L’histoire se passe un an après l’échec de la Black Rebellion organisée par Zero. Ce dernier est supposé mort, et la plupart de ses lieutenants comme Ogi et Todo sont arrêtés.
Pourtant, Lelouch se trouve toujours à l’Académie Aschford, mais il ignore tout de son passé en tant que Zéro ou en tant que prince Brittanien. Il a même oublié Nanally! Cependant, à ses côtés se trouve son “petit frère” : Rollo.
Un jour, alors qu’il sèche ses cours à la Tour de Babel, Lelouch se retrouve prit dans une attaque des derniers Chevaliers Noirs, l’Ordre étant désormais dirigé par C.C.
Celle-ci va, grâce à ses pouvoirs, lui rendre son Geass et son passé, mais pour ne pas être découvert, Lelouch décide de jouer un double jeu : il sera l’étudiant amnésique au grand jour, mais dans l’ombre, reprendra ses fonctions de Commandant des Chevaliers Noirs.
Cependant, les choses vont se compliquer pour lui lorsque Suzaku, son ancien ami, désormais Knight de l’Empire de Brittania, arrivera à l’Académie. Lelouch est alors tiraillé entre son envie de se venger de Suzaku ou son désir de mener à bien ses plans.