10 ans après les événements de xxxHOLiC Shunmuki, un mélancolique Kimihiro Watanuki a repris la boutique autrefois tenue par le mystérieux Yuuko en raison d’une promesse qu’il lui avait faite. Ses compagnons Maru, Moro et Mokona vivent avec lui dans un contentement relatif, et des visages familiers arrivent de temps en temps: l’ancien rival devenu ami fidèle Shizuka Doumeki, et l’ancien prodige psychique Kohane Tsuyuri. Alors que Kohane étudie le folklore sous Doumeki à l’université, ils rencontrent un cas parfait pour le maître de magasin.
Finalement, Watanuki reçoit la visite du grand-père de Doumeki, Haruka. Il demande à Watanuki d’enquêter sur les rêves de son petit-fils. Dans le monde des rêves, il découvre comment leurs aventures passées se sont déroulées du point de vue de Doumeki, amenant Watanuki à découvrir des vérités d’il y a 10 ans et des secrets sur les liens qui unissent leur amitié.