Dans un lointain futur, l’humanité est menacée par une curieuse entité : le Virus. Celui-ci est capable d’infecter aussi bien les êtres vivants que les machines ou les réseaux informatiques. Sa cible prioritaire est la ville de Néo Tokyo, dirigée par un organisme appelé Zähinell.
Pour lutter contre la menace du Virus, un organisme de défense (le S.T.A.N.D) a été mis sur pied, mené par le mystérieux Raven. Cette histoire suit le personnage de Serge, un jeune homme sans passé qui va tout tenter pour tuer Raven et se retrouvera finalement engagé à ses côtés dans le S.T.A.N.D. Mais le Virus ne sera pas le seul ennemi qu’il rencontrera…
