En 2199, la race humaine est en danger. Elle a perdu la guerre contre les Gamilos, des extraterrestres aux motivations inconnues, elle a dû se réfugier dans des cités souterraines sur Terre pour échapper aux assauts de ses opposants. Les scientifiques estiment qu’elle n’a plus qu’un an à vivre dans ces conditions. Les jeunes officiers Susumu Kodai et Daisuke Shima reçoivent une capsule provenant d’un vaisseau qui a dû atterrir d’urgence sur Mars. Elle contient l’ultime espoir de l’humanité : la planète Iscandar, qui se trouve de l’autre côté de la Galaxie Magellan, et possède la technologie nécessaire pour vaincre les Gamilos et remettre la planète en état. Une équipe de secours s’embarque alors sur le vaisseau Yamato, mais le temps est compté.
