Miharu-san est une fille qui a été internée dans le Centre de recherche sur les infections virales extraterrestres.
Elle réussit à s’enfuir, entraînant dans sa fuite la pauvre Honjou Mikaze, membre des Meteor Sweepers. Ces derniers se retrouvent donc avec un membre de l’équipe en moins à un moment crucial. En effet, une nouvelle vague de météorites se prépare à arriver sur un axe Soleil-Terre, ce qui rend leur trajectoire difficile à prévoir.
Ajoutons à cela les disputes entre les différents services de la lutte contre les météorites. La tâche s’annonce rude pour le personnel de la base de Shimojijima.