La série se divise en deux volets : les premiers épisodes tournent autour du passé et de l’origine d’Ahsoka Tano, ils sont destinés à introduire le personnage dans la série The Clone Wars. Le deuxième arc suit le comte Dooku alors qu’il s’éloigne lentement du chemin des Jedi et finit par succomber au côté obscure de la Force. La relation avec son Padawan Qui-Gon Jinn est également explorée.
Outre ces trois personnages, d’autres personnages bien connus tels que Anakin Skywalker, Mace Windu, Bail Organa, Capitaine Rex, Plo Koon et Obi-Wan Kenobi devraient également faire leur retour. De plus, Yaddle doit être vu sous forme animée pour la première fois
