Doremi Harukaze, petite fille de 8 ans se considère comme la fille la plus malheureuse du monde. Passionnée par la magie, elle rentre dans une boutique de magie appelée “MAHÔ-DO” et rencontre une vielle femme.
Lorsque Doremi se rend compte que la vieille femme est une sorcière, la sorcière fut transformée en grenouille (en effet, lorsqu’une sorcière est démasquée par un humain, elle est transformée en grenouille). Cette grenouille du nom de Majorika fait de Doremi son apprentie. La jeune fille n’étant pas douée, elle sera rejoint par Hazuki Fujiwara (son ami d’enfance)et Aiko Senoo (une nouvelle élève). Ainsi, les trois filles s’entraîneront à devenir des sorcières en passant des examens dans le Monde des Sorcières mais aussi en aidant leurs amis dans le vrai monde.