Natsuiro Kiseki raconte l’histoire de quatre meilleures amies, Natsumi, Saki, Yuka, et Ringo qui habitent dans une vielle ville au Japon, et qui se connaissaient et étaient l’une là pour l’autre depuis l’enfance.
Tout à commencé en entendant la nouvelle à propos du déménagement de Saki, Natsumi était en colère car Saki les a prévenu toutes en retard, une dispute aura lieu entre ses deux là, puis un jour les quatre copines se trouvent ensemble devant une grande étrange roche, qui leur a soudain réalisé un souhait…
Et c’est ici ou l’aventure commence.