“Kōkaku no Regios” se situe dans un monde pollué et dans lequel des créatures appelées “Limbeekoon” terrorisent l’humanité.
Un jeune homme se nommant Layfon Alseif s’inscrit en tant qu’étudiant de rang D dans une des villes mobiles isolées (appelée Regios), dans lesquelles se réfugient désormais les hommes, la cité scolaire de Zuellni. Peu après son arrivée, il se fait remarquer en arrêtant un combat entre deux étudiants des Arts Militaires par Nina Antalk, chef de la 17ème Section d’Arts Militaires. Layfon se fait intégrer dans cette section par le Président du Conseil des étudiants Karian Loss.
Que va-t-il arriver par la suite? Qui sait? …