Kobato est une petite fille très maladroite et très attachante, qui vient sur terre dans le but de soigner les cœurs blessés. Plus elle soignera de cœurs, plus la petite bouteille qu’elle possède se remplira. Elle est toujours accompagnée d’un chien bleu, Ioryogi-san, qui prend souvent un aspect effrayant et qui, à l’instar de Keroberos dans “Sakura”, cherche à se faire passer pour une peluche aux yeux des autres.
On retrouve dans “Kobato.” de nouveaux personnages, mais aussi des anciens de Clamp, comme Chitose Mihara, la propriétaire de l’immeuble où vivait Hideki de Chobits, accompagnée de deux petites filles jumelles, Chiho et Chise, ressemblant curieusement à Chii.