L’histoire de Inazuma Eleven GO Galaxy se situe après les événements de Inazuma Eleven GO chrono stone.
Le FFIV2 (Football Frontier International Vision 2) qui est la coupe du monde collégienne du football va bientôt débuter.
C’est pourquoi il est important pour le Japon de se constituer la “Shinsei Inazuma Japan”, une équipe dans la lignée de l’Inazuma Japan qui a remporté la coupe du monde il y a longtemps de cela. Toutes les equipes collègiennes de football du Japon sont rassemblées au Holy Road Stadium, y compris Raimon.
L’entraîneur de la nouvelle equipe, Kuroiwa Ryuusei apparaît et annonce alors les 11 nouveaux représentants japonais. Tenma, Tsurugi et Shindou sont appelés cependant le reste des personnes nommées de l’équipe n’est absolument pas connu du public.
Il est alors prévu un match amical contre la Teikoku Gakuen, dans le but de montrer la force de cette nouvelle équipe. Or, le match s’annonce être catastrophique, en effet mis à part Tenma, Tsurugi et Shindou, aucun des joueurs de la Shinsei Inazuma Japan ne sait jouer au football..
La Shinsei Inazuma Japan serat-elle réellement capable de remporter le FFIV2 ?