Après la mort de sa mère par les mains du terrible Comte Mécanique, le jeune Tetsuro est devenu un délinquant qui ne rêve que de vengeance.
Tetsuro vit dans un monde futuriste où les humains ont la possibilité de traverser plusieurs planètes afin d’acquérir un corps fait de métal qui les rendrait immortels. L’objectif du héros est d’amasser assez d’argent pour monter à bord du Galaxy Express 999, un travail capable de voler dans l’espace qui l’emmènera sur la planète des robots. Un jour, alors qu’il échappait à la police, il rencontra la belle Maetel qui ressemble à sa défunte mère. Elle lui offre un billet pour qu’il puisse monter à bord du train, et ainsi obtenir un corps mécanique et de prendre sa revanche sur l’assassin de sa maman.
Au cours de leur voyage, Maetel et Tetsuro rencontreront beaucoup de personnes, dont Harlock (Albator en VF) et Queen Emeraldas. Tetsuro apprendra fur et à mesure ce que “être humain” signifie.
