L’histoire commence à Munich en Allemagne, année 1923, après la première guerre mondiale. Cela fait maintenant deux ans que Edward Elric est bloqué dans cet “autre monde” en laissant derrière lui ses amis, son pays et son jeune frère Alphonse. Ed a désormais 18 ans et ne peut utiliser ses pouvoirs dans le monde où il est. Il a passé tout son temps depuis qu’il est arrivé à faire des recherches dans la fuséologie avec Alphonse Heiderich, un jeune garçon ressemblant à son frère, dans le but de retourner un jour chez lui.
Ses efforts n’ont jamais portés leurs fruits jusque là, mais après sa rencontre avec Noah, une bohémienne, il est entraîné dans des événements liant les deux mondes.
Pendant ce temps, dans son propre monde, Alphonse qui a retrouvé son corps deux ans auparavant mais dont la mémoire n’a toujours pas été retrouvée, a passé son temps à vouloir retrouver Ed, Izumi lui apprenant tout ce qu’elle savait. Il est sur que son frère est vivant quelque part et n’a jamais perdu espoir, il rêve même de son futur…