L’île de Hatsune-Jima était une fois bien connue pour ses cerisiers, qui fleurissaient peu importe la saison. Il y a deux ans, les cerisiers de l’île ont perdu cette capacité et tous sont devenus des cerisiers ordinaires qui fleurissent seulement au printemps. Un jour d’été orageux, une jeune fille mystérieuse, Aisia, parvient à la porte de Jun’ichi. Elle cherche la grand-mère de Sakura pour étudier la magie, espérant en fin de compte apporter le bonheur à chacun. Parmi le chaos de sa recherche, Kazami l’Académie embauche le nouveau personnel médical…
L’histoire commence là où la première saison s’est arrêté. Nous finissons d’apprendre à connaître les personnages déjà présents dans la première saison, donc avec plus de détails.