L’histoire d’Alice Gear Aegis Expansion se déroule dans un futur lointain, lorsque l’humanité est forcée de fuir la Terre après une attaque de formes de vie mécaniques connues sous le nom de Weiss. Ces êtres peuvent être combattus par des actrices : de jeunes femmes adeptes de l’utilisation d’armes de grande dimension connues sous le nom d’Alice Gear. Sous la supervision d’AEGiS, des sociétés privées d’actrices se dirigent vers l’univers pour exterminer Weiss et sauver la race humaine d’être condamnée à errer dans l’univers pour toujours.