Aki-Sora raconte l’histoire de Aki Aoi et Sora Aoi, une paire de frères et sœurs proches qui ont partagé d’intimes liens depuis l’enfance. En grandissant, ils ont tous deux réalisé la profondeur de l’amour qu’ils éprouvent l’un pour l’autre, amour qu’ils consomment maintenant en secret. Ils gardent leur jeune sœur Nami, la jumelle de Sora, dans l’ignorance de leur relation. Nami, naïve de ce qui se passe à la maison, vise à caser son frère avec sa meilleure amie, Kana Sumiya. En dépit de ces relations, Nami semble elle aussi, éprouver des sentiments pour quelqu’un près d’elle…
